El crecimiento que ha tenido Transmilenio S.A a lo largo de los años desde su inauguración en el año 2000, hasta el día de hoy ha sido tema de controversias y disgusto en cuanto a la calidad de transporte que ofrece, pues una de las quejas más reiteradas es la poca expansión que tiene el servicio, comparando con la que debería tener 18 años después; la empresa debería tener ofrecer cubrimiento de 380 kilómetros carril, y solo cuenta con 114.

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María Consuelo Araújo, actual gerente de Transmilenio, ha afirmado en diferentes ocasiones que las aglomeraciones y el sobrecupo que se presentan en estaciones o buses, se debe a que las planeaciones troncales no se han llevado a cabo del todo, y que ese atraso es el causante de que no existan conexiones eficientes con el centro, el occidente, el sur y el oriente de la ciudad.

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 Este déficit, también, se debe a la implementación de los buses azules del SITP durante el año 2012, la reducción considerable de tarifas, incremento en la política de subsidios, entre otros. Además, hicieron que los costos sumaran más que los ingresos y de esta manera, han sido los contribuyentes bogotanos los que han tomado partido cubriendo una parte con los impuestos que pagan.

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El Sistema, en 2015, sumó alrededor de 1 billón de pesos en pérdidas, de los cuales 800.000 millones pertenecían al distrito y 200.000 a los operadores, según César González, gerente de los concesionarios que operan el sistema ese año. Para la actualidad, son las tarifas de Transmilenio S.A las que logran cubrir mejor los costos de operación, de manera que la empresa ya no necesita del financiamiento del Distrito, pues cada pasajero financia $1.105 para cubrir el déficit. 

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Para los últimos meses, Transmilenio S.A se ha centrado en dar luz verde a la compra y funcionamiento de la nueva flota de buses que complementarían la existente, con el fin de disminuir el sobrecupo y agilizar los tiempos de espera en las estaciones de la fase I y la fase II.

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Han sido 1.383 los buses (de los cuales 927 serían biarticulados, y 456 articulados) comprados por la empresa, poco a poco ha ido introduciendo en la ciudad, lo que aumentaría, según la gerente de Transmilenio, 50.000 plazas. Para esto se invirtieron $1,6 billones de pesos en la adquisición de los nuevos buses, y $5,5 billones en costo de operación y mantenimiento. Han sido las energías limpias las que protagonizan las propuestas recibidas por las diferentes empresas para la renovación de la flota.

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Daniel Palacios, presidente del Concejo de Bogotá, informó de los operativos que se realizaron en el 2015 por parte del sistema de transporte público y la DIJIN, encargados de implementar personal encubierto dentro de algunas estaciones de Transmilenio, estrategia la cual no fue permanente, pues sólo duró seis meses aproximadamente; a pesar de que los usuarios creen que aún sigue funcionando.

También mencionó, la principal deficiencia en la estrategia que realiza el distrito por los pocos recursos económicos que se le entregan a la fuerza pública para que haga un buen cubrimiento en las estaciones, refiriéndose a la mala inversión del sistema, con 19 mil millones de pesos por parte de la Gerencia de Transmilenio para la seguridad ya que 12 mil millones de pesos son destinados a contratos de seguridad privada más no de fuerza pública, teniendo a la fecha sólo 737 policías para Transmilenio, sin contar con la deficiencia de las cámaras de seguridad dentro de las estaciones.